На Коноху нападают ниндзя Страны Неба - соранины. Летают они за счет того, что фокусируют чакру в механизмах крыльев.
В Конохе разруха, и наши шиноби делают все возможное, чтобы как-то отсановить соранинов.
Наруто находит мужика и несет его в госпиталь. Тут же в госпиталь влетает парень и говорит, что ищет своего сенсея, но тут же вырубается.
Как вясняется позже, мен, которого притаранил Наруто, и есть сенсей паренька Амару. Сенсея зовут Шинно.
Амару рассказывает, что на их деревню тоже напали соранины и он шел в Коноху, чтобы предупредить об этом и найти своего сенсея, чтобы тот помог лечить раненых в его селении.
Формируется команда, чтобы сопровождать Амару и Шинно - Сакура, Наруто и Хината. Они плывут по реке на лодках и тут на горизонте показывается соранин. Все по-быстренькому ныкаются, но только не наш заторможенный Наруто, который плывет вместе с Амару. Им приходится нырнуть в воду. Когда соранин скрывается, Наруто выныревает, а Амару запутался в водорослях в попытках достать скальпель, который он уронил. Этот скальпель - подарок его сенсея. Наруто ныряет и спасает паренька и в этот момент, выясняется, что у Амару есть сиськи и он вовсе не он, а она. Наруто краснеет и теряет сознание. Но не от увиденного, а от того, что его загрызла иадовитая рыба-пиранья. Не успел Наруто очнутся, как тут же снова покраснел, потому что Амару отсасывала у него иад из раны, которая находилась очень высоко на бедре.
Благодаря тому, что Амару отлично работает ртом, Наруто снова бодр и весел.
Ребята прибывают в деревню. Но там разруха и никого нет.
Амару начинает плакать и с криками бегать в поисках уцелевших. Тут она задевает ловушку, и в нее летит целая куча кунаев. Но ее любимый сенсей загораживает Амару и принимает все кунаи на себя, тут же отдав концы. Амару расстроена, но продолжает искать уцелевших селян.
Каким-то мокаром ребята разделяются, и Наруто с Сакурой оказываются перед огромным монстро, которое типа как питается тьмой человеческих душ. Выясняется, что этот червячок с тентаклями и есть Амару. Монстро чует в Наруте темную силу и пытается заставить применить ее. Что Наруто и сделал приянв вид четыреххвостого лиса. Сакура тем временем уже валяется в отключке. Нарик показывает какой он супер-мега крутой и разносит все в пух и прах. Тут Сакура вынимает волшебную печать, которую ей дал джирайя аккурат для таких случаев и возращает прежнего Наруто, который даже бровью не повел на то, что только что был лисом. Тут он пустил в ход нарутотерапия-но-дзюцу, и Амару становится прежней.
Ребята решают, что Сакура должна пойти в Коноху за подмогой, а Наруто и Амару пойдут искать селян.
Тем временем в логове Орочимару, старый йощик велит Саске привести к нему человека, который поможет ему с реинкарнационным дзюцу. Этот человек ни кто иной, как Шинно.
Наруто и Амару заходят в какие-то руины, которые ОМГ! взлетают в небеса. В Конохе тем временем, соранины отступают, так как чакры у них немного. Цунаде в начале фильма пояснила, что во время последней войны шиноби, Страна Огня уничтожила воинственную Страну Неба. Эти чувачки - те, кто уцелел, и пришли они, чтобы отомстить. Формируется отряд для поиска базы врагов. Сай на однйо из своих нарисованных птичек отвлекает соранинов, легко с ними справляясь, а Шикамару и Какаши чего-то ожидают на берегу у скал.
Наруто и Амару зашли в руины и обнаружили там живого Шинно, который что-то бормотал насчет мирового господства. Амару счастлива видеть, что ее сенсей жив, но Наруто предупреждает, что он уже не тот. Каким-то образом Шинно удалось обмануть медицинские дзюцу Сакуры, а затем он воскрес. Теперь понятно, зачем он нужен Орычу!
Далее он превращается в стремное нечто, по виду напоминающее Халка -____-. Начинается битва между ним и Наруто. Наруто очень много бьют. Очень-очень много. Т______Т Амару плачет на поул, а наш заводной апельсин снова пускает вход нарутотерапию. Но Шинно не преклонен - на него ничего не действует.
И тут появляется Соска. НАКОНЕЦ-ТО! Он требует, чтобы это чудо топало за ним к Орочимару. Чудо, естественно, не хочет. XD
Дальше следует долгая и нужная битва Наруто и Саске с человеком-Халком.
В Конохе, тем временем, Шино с легкостью победил всех соранинов, напустив своих жуков на их механизмы. Жуки съели чакру - соранины повержены.
Наруто и Саске побеждают чудо-халка и находят селян. Освободив всех, они сваливают с летающих руин... О__о Там еще появляется Джирайя на жабе, на которой также были Шикамару и Ко... Но это детали... Амару очнулась в руках Наруто, Сакура ревнует, Саске свалил под шумок. Хеппи энд.
Когда заканчиваются титры, мы видм Саске, вернувшегося к Орычу. Он отдает ему свиток и поворачивается, чтобы уйти, но Орыч ему говорит: "Что-то интересное/хорошее сегодня было, Саске-ку-ку-кун? По твоему виду создалось такое впечатление..." Саске возращается к тренировкам на какой-то реке и вспоминает свою встречу с Наруто и слова последнего, когда они сбегали с летающих руин "Я обязательно верну тебя в Коноху!".